เมื่อเริ่มก่อตั้งและสถาปนามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ในปี พ.ศ. 2486 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ประกอบด้วย 4 คณะ คือ

1. คณะเกษตร

2. คณะสหกรณ์

3. คณะวนศาสตร์

4. คณะประมง

โดยภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรมีฐานะเป็นแผนกวิชาหนึ่งในคณะสหกรณ์ ซึ่งขณะนั้นมีคุณพระพิจารณ์พาณิชย์เป็นคณบดีคนแรก โดยคณะสหกรณ์ตั้งอยู่ที่บริเวณข้างวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม ต่อมาในปี พ.ศ. 2495 คณะสหกรณ์ได้เปลี่ยนชื่อเป็น

คณะสหกรณ์และเศรษฐศาสตร์

ทั้งนี้เพื่อให้การศึกษาเป็นไปได้กว้างขวางและให้นิสิตมีทางเลือกในการประกอบอาชีพมากขึ้น จนกระทั่งปี พ.ศ. 2499 คณะสหกรณ์และเศรษฐศาสตร์ได้ย้ายมารวมกับคณะอื่นๆ ที่บางเขนและได้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น

คณะเศรษฐศาสตร์สหกรณ์

และต่อมาในปี พ.ศ. 2509 ได้เปลี่ยนชื่อใหม่อีกครั้งเป็น

คณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ

ทั้งนี้เพื่อขยายงานการศึกษาให้เหมาะสมกับการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมของประเทศ โดยปรับแผนการศึกษาให้ครอบคลุมทั้งทางด้านเศรษฐศาสตร์และด้านบริหารธุรกิจ

ครั้นต่อมาในปี พ.ศ. 2512 มีการปรับปรุงพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ขึ้นใหม่เพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการบริหารการศึกษา ทำให้แผนกวิชาต่างๆ ในคณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจเปลี่ยนฐานะเป็น

ภาควิชา

ซึ่งนับเป็นการเริ่มต้นอย่างเป็นทางการของภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตร พร้อมทั้งได้ปรับปรุงหลักสูตรใหม่ จากหลักสูตรเดิมซึ่งมีระยะเวลาศึกษา 5 ปี ให้มีระยะเวลาศึกษาเพียง 4 ปี

ต่อมาในปี พ.ศ. 2532 ภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตร ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรและทรัพยากร” ทั้งนี้เพื่อให้การเรียน การสอน และการวิจัยของภาควิชาฯ สามารถครอบคลุมเนื้อหาทางวิชาการทั้งในด้านเศรษฐศาสตร์เกษตรและการจัดสรรทรัพยากรมากยิ่งขึ้น จนกระทั่งปี พ.ศ. 2535 คณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจได้แบ่งส่วนราชการออกเป็น 2 คณะ คือ

1. คณะเศรษฐศาสตร์

2. คณะบริหารธุรกิจ

โดยภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรและทรัพยากรเป็นหนึ่งในสามภาควิชาที่สังกัดในคณะเศรษฐศาสตร์ร่วมกับภาควิชาเศรษฐศาสตร์และภาควิชาสหกรณ์มาจนถึงปัจจุบัน